實際上，科學研究主要分為基礎研究、應用研究和開發研究，其中，基礎研究是對新理論、新原理的探討，很難取得短期效果，管理起來最難，但是我國2012年基礎研究經費僅為498億元，占總體經費支出的比重不足5%，所以基礎研究經費并不是我國科研經費管理的重點，最主要的還是在應用研究和開發研究方面。

而應用研究和開發研究大多應用于實踐，更加強調技術成果的轉化，短期內是可以看到實際效果的，占總體經費投入的比重超過了95%，是我國科研經費管理的主要部分。而科研經費腐敗大部分都發生在應用研究和開發研究方面，要從根本上治理科研經費腐敗問題，也必須從科研的應用研究和開發研究方面著手。

要徹底有效的治理我國科研經費腐敗的問題，必須轉變我國科研經費支持和考核體系，從政府引導監管到市場需求轉變，從政府引導創新向市場需求創新轉變。防止出現科研活動“走過場”的現象，出了基礎性的研究工作，大部分的應用研究和開發研究應當積極向市場轉變，促進科研成果考核從“只用來發論文、評職稱、申請專利”等形式主義向成果轉化、經濟效益等方面轉變，推動科研活動支撐從“政府為主，市場為輔”向“市場為主，政府為輔”轉變，大力發展科技中介服務機構，加強科研活動承接市場需求。最終，科研人員的應用和開發研究活動都會與市場形成良好的互動效應和反饋調節，自然會形成市場化的約束機制，確保科研資金投入的效率。

目前，我國大部分科研活動和市場是脫節的，一方面是科研活動難以反映市場需求，另一方面，科研成果難以轉化為市場需求。說到底，我國科研活動和市場經濟活動缺乏承接過渡，客觀上造成了科研成果難以產業化、經濟化，并形成惡性循環，科研成果衡量只能依靠發論文、評職稱、申請專利等方式實現。

所以，總體而言，我國科研經費腐敗問題已經日益影響我國科研創新的發展，而從源頭上解決我國科研經費腐敗問題，不能僅僅靠加強管理，更應該轉變科研體系，從“政府為主，市場為輔”向“市場為主，政府為輔”轉變，大力推動與科研、技術開發和科技成果轉化直接相關的交易、經紀、咨詢、評估、代理以及科技企業孵化、創業服務等活動，支持各種類型的科技中介服務機構發展，從而形成科學研究和經濟發展的良好互動，推動我國科研產業發展和經濟轉型升級。