保稅區的能源產業主要集中在保稅區的能源港區，是建設立足全國，輻射東北亞，以油品為主，包括糧食、礦石、煤炭等資源性商品的中轉、倉儲加工、分撥配送、貿易和結算中心。這里擁有全國最大的糧食外貿出口港、我國北方最大的油港，以及東北地區最大的礦石儲運基地。大連保稅區除了擔負國家交給的油品戰略儲備任務的同時，也在不斷發展能源產業，未來將形成保稅區另一個千億級產業集群。

保稅區能源產業有兩大亮點。一是LNG及冷能利用產業。截至2013年底，大連LNG接收站已經累計外輸天然氣46億立方米。與此同時，能源港區也在積極發展LNG冷能利用等新興綠色產業。其二是北良園區。保稅區充分利用北良港作為北糧南運最大轉運港口的有利條件，發揮中糧集團糧食全產業鏈的優勢，全力打造國家級糧食流通服務平臺，建設東北亞國際糧食物流貿易中心和加工基地。

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