菏澤高新區(qū)把培植醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)作為壯大經(jīng)濟實力、提升產(chǎn)業(yè)水平的重中之重，著力打造全省知名的醫(yī)藥產(chǎn)業(yè)基地。截止目前，醫(yī)藥加工及關(guān)聯(lián)企業(yè)82個，擁有市級以上高新技術(shù)醫(yī)藥企業(yè)11家，其中省級7家，產(chǎn)品涵蓋中藥、西藥、制藥設(shè)備等十大門類、千余品種，形成了研發(fā)、生產(chǎn)、銷售、物流等完整的產(chǎn)業(yè)鏈條。2010年實現(xiàn)銷售收入90億元，利稅23億元，上繳稅金突破7億元。2009年，被省發(fā)改委批準(zhǔn)為第一批省級生物高技術(shù)產(chǎn)業(yè)基地。2010年被山東省中小企業(yè)辦公室認(rèn)定為省級產(chǎn)業(yè)集群。

以步長制藥、健民制藥、華信制藥、譽衡藥業(yè)、海王藥業(yè)等企業(yè)為龍頭，形成了從中藥材種植、飲片加工、制劑生產(chǎn)到市場物流的現(xiàn)代中藥生產(chǎn)基地，步長制藥的穩(wěn)心顆粒被列入國家火炬計劃，丹紅注射液是全國單品種銷量最大中藥制劑，相繼獲2010年度山東省科技進步一等獎、中國第十二屆專利金獎;“丹紅注射液近紅外在線自動質(zhì)量控制”項目被列入國家 “十一五”重大專項山東創(chuàng)新藥物孵化基地項目子課題、國家發(fā)改委現(xiàn)代中藥高技術(shù)產(chǎn)業(yè)發(fā)展專項、2010年山東省自主創(chuàng)新成果轉(zhuǎn)化重大專項和山東省重大藥物產(chǎn)值利稅雙倍增科技示范工程;“穩(wěn)心顆粒技術(shù)改造研究”、“丹紅注射液譜-效及安全性相關(guān)評價系統(tǒng)的建立”均被列入國家“十二五”重大新藥創(chuàng)制”科技重大專項，得力生注射液是目前國內(nèi)唯一批準(zhǔn)的二類抗癌植物類新藥，屬世界首創(chuàng);譽衡藥業(yè)的銀杏內(nèi)脂B注射液、艽龍苦素注射液均被批準(zhǔn)為國家一類新藥。

以睿鷹先鋒制藥、潤澤制藥、立海潤制藥、方明制藥等企業(yè)為依托，形成了國內(nèi)規(guī)模較大、技術(shù)先進、產(chǎn)品純度高、產(chǎn)業(yè)鏈條長的頭孢類、大環(huán)內(nèi)酯類醫(yī)藥中間體、原料藥生產(chǎn)基地，睿鷹先鋒制藥的30項科研成果通過省級鑒定，8項為國內(nèi)獨創(chuàng)，其中酰基化試劑T-1216被列入國家火炬計劃。以華普醫(yī)療科技、鑫鼎設(shè)備制造等企業(yè)為骨干，大力發(fā)展醫(yī)療器械產(chǎn)業(yè)，新引進了志宇醫(yī)療器械、默瑞克醫(yī)療設(shè)備、華普留置針、利華得醫(yī)療器械等一批極具發(fā)展?jié)摿Φ捻椖浚a(chǎn)業(yè)規(guī)模繼續(xù)膨脹。