到了上世紀90年代，隨著膽熊生存的惡劣狀態不斷被環保組織披露，關于要不要保留活熊取膽的爭議也在民間此起彼伏。

據業界人士介紹，上個世紀90年代初期是活熊取膽發展最混亂的時期，以至于1993年，當時的林業部不得不專門下發緊急通知清理整頓養熊場。

該通知專門強調，為盡快消除國外對活熊取膽的不良影響，各地應立即停止新建各種形式的養熊場，立即對現有養熊場及其活熊取膽情況進行調查和清理整頓。

也正是在那個時期，活熊取膽的問題進入了爭議的第一個高潮。1999年，國際愛護動物基金會在廣東番禺建立了我國第一個黑熊養護中心，解救了5只被活體取膽的熊。

該機構負責人葛芮認為，如果說，活熊取膽的狀況近年來在我國有一點點改善的話，就是在2009年年底，中國野生動物保護協會與亞洲動物基金曾聯合發起“無取膽熊養殖場”省際聯誼活動，當時有18個省區市的林業部門以文件或公告形式明確重申，本省(區、市)不再批準以養熊取膽汁為目的的各種養熊項目。

據亞洲動物基金提供的資料，截至2011年年底，全國無活熊取膽的省份增加至20個。

2006年的一次新聞發布會上，國家林業局又一次表態，不再新批活熊取膽的項目，但亞洲動物基金的數據顯示，目前全國有11個省區建有活熊取膽的養熊場，數量多達98家，而且膽熊的數量已經從當年的6000多只增加至1萬多只。

在專家看來，這1萬多只還是保守數據。亞洲動物基金也表示，他們提到的一萬多只也只是來自部分有數據的養熊場，還有很多養熊場沒有公開的數據。

如果說從藥理上熊膽并非不可或缺，那么對地方經濟而言，熊膽產業是不是就舉足輕重呢?亞洲動物基金的另一個數據是，目前全國既是養熊場又有制藥廠的企業有29家，熊膽制品生產廠家194家。從現有公開資料也很難看出，194家熊膽制品企業究竟給各地的經濟帶來怎樣的作用。即便是養熊場最多的吉林省，也沒有宣稱熊膽的相關產業對當地經濟有不可或缺的作用。所以魯亞等學者認為，熊膽產業就是滿足了很少一部分人的利益訴求，但給人民的精神帶來極大傷害，給社會帶來了不良影響，給國家形象造成不可挽回的惡劣影響。

早在2001年，衛生部就專門發文，不再審批以熊膽粉為原料生產的保健食品。以此為依據，2001年以后出現的熊膽保健品即是違規產品，如歸真堂的熊膽茶等。

祖述憲和魯亞都建議，藥監部門和衛生部門應重新審查和評價熊膽的醫療保健價值。