林擁軍表示自己實驗室的試驗田四周有2米深2米寬的“護城河”，以及3米高的圍墻。“在早期試驗和中試階段，管理是很嚴格的。因為安全性試驗剛剛起步，對早期材料要求也很嚴格。”

但環境釋放階段就要求到不同的水稻產區檢驗植物是否適應不同的氣候和生態條件，“這就要和農民合作了。”黃大昉表示。

下一步，“按照《農業轉基因生物安全管理條例》有關轉基因試驗的實施辦法的規定，生產型試驗要求至少3個點種植，一個點面積超過45畝，這個時候管理不可能像中試那么嚴格。”林擁軍表示，如果再像中試那樣做成碉堡，成本就太高了。

按照規定，環境釋放和生產性試驗產生的試驗結果(即收獲的水稻)應該統一回收處理，“但是不排除農民看到這種水稻不用農藥、節約人工，就私自留藏。”黃大表示，在這個過程中，有時也會有種子公司介入私自育種，“這讓問題變得更為復雜，”并介紹，在中國研究實驗抗蟲棉時，就有這種情況，當時農民“非抗蟲棉不買” 。

而薛達元表示，《條例》雖然規定了種植面積，但在實際操作中，科研人員幾乎都擴大了種植面積，達到幾百畝甚至上千畝，這就使得管理更加困難。

除了被動流失，一些科研人員也創造機會造成轉基因水稻種子的“主動流失”。一位不愿透露姓名的轉基因科研人員表示，確實有些科研人員未經申報就擅自進行試驗。

此前，綠色和平組織調查顯示，早在2005年，湖北多個地方的種子市場、農技站和種子站就在非法售賣當時尚未通過安全審評的轉基因水稻。2010年，該組織的調查發現湖北和湖南等地仍舊存在違法轉基因稻種的銷售。第三方的檢測結果顯示，這些轉基因稻種的品系為Bt63，正是華中農業大學張啟發團隊獲得安全證書的品種。

而對于去年有媒體報道的農業部聯合環保部、衛生部等進行的中國第一次大規模調研轉基因生物安全，該研究人員稱并不知情，同時表示“每年農業部都會組織專家和地方管理部門檢查轉基因研究進展和生物安全性情況，研究進展和安全管理的檢查結果我們都是清楚的，但是不一定要公布。至于非法試驗，懲罰措施通常是內部進行罰款和通報批評。一定范圍內吸取教訓懲罰不當行為就夠了，沒有必要大肆宣傳，畢竟沒有像三聚氰胺和瘦肉精那樣造成實際的安全問題。”

在黃大昉看來，農業問題比較復雜，面對千千萬萬的農戶，同時中國有8700家左右種子公司，數量多，小而散。“經營者過多，環節過多，往往會有漏洞。”

“盡管已經有了安全證書，但是還沒有進行品種評審和商業化許可，種植轉基因水稻在中國還是違法的。”黃大昉表示，還是應該依法依規辦事，這就需要加強監管，研究單位做試驗一定要按規定辦理，而經營水稻種子的公司也要對自己的產品嚴格把關。

但農業部現在顯然更忙于轉基因的宣傳活動。在其主辦的“轉基因權威關注”網站上，宣傳活動對轉基因農產品的描述非常正面：轉基因前景廣闊、技術優勢明顯、轉基因作物已大面積應用、轉基因食品“人吃了沒事”以及通過國家安全審定的轉基因水稻和玉米與非轉基因作物同樣安全。今年4月，農業部還專門組織了轉基因知識媒體培訓班，隨后《科技日報》、中國網等主流媒體頻頻發文，正面宣傳轉基因農產品。

黃大昉表示，農業部做了很多工作，只是沒有說。但至少在目前看來，轉基因作物的監管正逐漸走向渙散。