而估值水平方面，新三板明顯低于中小板和創業板。以2013年9月16日收盤價計算，新三板平均市盈率為11.87倍，而中小板平均市盈率為32.90倍，創業板平均市盈率為50.97倍。即使深市中小板和創業板過于“瘋狂”，但是其主板平均市盈率為20.04倍，滬深平均市盈率為11.51倍。無論怎么比較，新三板企業估值過低是不容爭辯的事實。估值過低對于企業吸引力非常有限，而相關費用卻成為企業的一大負擔。

企業在新三板掛牌每年需要繳納管理費，而且審計費用也非常可觀，還有信息披露要求及各種限制。目前，在新三板掛牌企業以年營業收入1億元以下的占大多數，2012年，掛牌的新三板企業平均營業收入僅為9476.35萬元，平均凈利潤僅為830.05萬元，相對企業經營情況，新三板掛牌的成本非常高，而相比較，債務融資和PE/VC融資的成本優勢非常明顯，尤其是PE/VC融資能夠獲得的幫助更大。所以，總體而言，新三板對于很多企業來說，并不具有太大的吸引力。

4、骨感的現實之三：新三板業務貢獻不足，證券公司興趣不大

從業務資源的角度來看，新三板擴容對于證券公司來說應當是一個很好的業務機會，尤其是從2012年10月到2013年8月，A股市場IPO已經暫停了10個月之久，而證券市場IPO重啟在2013年12月之前很難有實質性的進展，證券公司投行業務面臨著嚴重的發展困境。按照常理，國內證券公司應當積極踴躍開展新三板業務，但是，事實卻并非如此，證券公司并沒有對新三板業務表現出足夠的興趣。

按照目前的行情，證券公司開展新三板業務的報價普遍在100萬-120萬之間(其中附帶審計和律師費用)，低的可以到80萬元。而從2012年A股IPO情況看，創業板IPO的平均承銷業務收入在4000萬元-5000萬元之間，中小板IPO的平均承銷業務收入在5000萬元-6000萬元之間，差別可謂“天上與地下”。

根據前瞻產業研究院的測算：對新三板業務來說，按照每家110萬元計算，2012年新三板掛牌公司105家，能為券商帶來1.16億元左右的承銷業務收入，相比于2012年證券行業177.44億元的承銷與保薦業務收入，新三板業務收入對于券商來說只能用微不足道來形容。新三板業務實際上沒有利潤可圖，這是很多券商對新三板業務“不感冒”的主要原因，目前，很多證券公司開展新三板業務實際上是在“賠本賺吆喝”。