福建省水產品加工業積極調整產業結構，大力實施品牌戰略，擴大水產品出口，做大做強水產品加工業。現在，全省擁有水產品加工企業1094家，規模以上加工企業393家，產值億元以上企業達100多家。初步建立閩南、閩東兩大漁業加工產業集群。福清龍田、東山經濟開發區，寧德霞浦臺灣水產品集散中心被評為首批現代漁業水產品加工園區。發展了東山、福清等年加工產值在10億元以上的水產加工重點縣10個，形成了寧德大黃魚、連江藻類、福清對蝦、長樂鰻魚、晉江紫菜、漳州石斑魚、東山海捕魚等具有區域優勢、產業效益高的水產品特色產業，水產品加工業正成為帶動區域經濟發展的增長點。

在水產品品牌建設方面更是風生水起。截至目前，全省水產行業共有中國馳名商標17件，國家注冊地理標志商標24個，國家地理標志產品保護5個。省級名牌產品88個，省著名商標135個。連江縣被評為鮑魚之鄉，霞浦縣被評為海帶、紫菜之鄉，蕉城區被評為大黃魚之鄉，福州市被評為中國魚丸之都、中國鰻鱺之都、中國金魚之都，莆田市被評為花蛤之鄉。

行業的發展離不開寬松優惠的政策。2012年，省政府出臺了《支持和促進海洋經濟發展九條措施》，明確提出海洋特色品牌，對獲得省級以上名牌產品、著名商標獎勵30萬~100萬元；對在省級以上媒體作品牌宣傳的予以經費補助；對在境內外資本市場成功上市的獎勵100萬元等。2013年，省政府繼續出臺《促進海洋漁業持續健康發展十二條措施》，明確提出培育壯大海洋漁業龍頭企業。此外，省財政從2008年以來，每年安排發展現代漁業加工項目資金1000萬元以上，用于扶持水產加工企業發展精深加工，截至目前，已累計支持項目130個，補助經費10482.5萬元。

隨著海西發展戰略的提升，福建省《關于進一步支持海峽西岸經濟區建設的意見》、省委《貫徹落實〈國務院關于支持福建省加快建設海峽西岸經濟區的若干意見〉的實施意見》和省國家稅務局《關于抓住機遇主動作為進一步支持海峽西岸經濟區建設的通知》等政策相繼出臺，為閩臺水產品加工合作創造寬松的貿易環境，出口臺灣市場份額從2008年的8.68％上升到2011年15.21％。