游戲的自由度比 COC 稍微高一些，玩家可以在帝國軍與反叛軍之間自由選擇一方加入作為自己的陣營，兩個陣營在科技水平、武力和資源方面都有著很大差異，這對之后的游戲走向也會產(chǎn)生很大影響。在進(jìn)入游戲主線開始建立基地之后，玩家的劇情生涯就開始了，游戲主線是以章節(jié)式劇情來進(jìn)行，層層推進(jìn)，每個章節(jié)中玩家都需要進(jìn)行“建造”、“防御”和“攻擊”這三種不同的任務(wù)，一方面是可以不斷強(qiáng)化自己的基地，另一方面是劇情需要可以慢慢深入，這一點(diǎn)倒是 COC、《海島奇兵》以及《使命召喚：英雄》所沒有的。

雖然說是套用了 COC 的玩法要素，但畢竟是新游戲所以總是要有些自己的新創(chuàng)意的，《星球大戰(zhàn)：指揮官》不僅加入了大量的劇情，讓玩家一邊體驗(yàn)游戲一邊經(jīng)歷劇情，還有強(qiáng)力的“英雄”系統(tǒng)加入戰(zhàn)斗，英雄那不同于普通士兵的攻擊方式以及強(qiáng)力的身體素質(zhì)讓玩家的進(jìn)攻變得更加輕松。不過這個系統(tǒng)在《使命召喚：英雄》中也有出現(xiàn)，對于同期推出的兩款游戲來說這可是“撞系統(tǒng)”了。